Родился 12 февраля 1952 г. в с. Усть-Мосиха Ребрихинского района Алтайского края.

В 1974 году окончил Сибирский технологический институт по специальности "лесное хозяйство".

В 2004 году – Сибирскую академию госслужбы.
Трудовой путь начал в 1974 лесничим в Ребрихинском лесничестве Ребрихинского лесхоза (с. Ребриха, Алтайский край).

В разное время в Алтайском крае занимал должности главного лесничего Ракитовского лесхоза (1977-1982 гг.), директора Степно-Михайловского лесхоза (1982-1985 гг.), главного лесничего Алтайского управления лесами (1985-1997 гг.).
С 1997 году Яков Ишутин занимал должность руководителя Алтайского управления лесами.

В 2000 году назначен заместителем председателя комитета природных ресурсов по Алтайскому краю, в 2001 году переведен на должность руководителя комитета.

С 2002 по 2004 годы работал начальником Главного управления природных ресурсов и охраны окружающей среды МПР России по Алтайскому краю.

В сентябре 2004 года назначен руководителем Агентства лесного хозяйства по Алтайскому краю.

С марта 2005 года руководитель Агентства лесного хозяйства по Алтайскому краю и Республике Алтай.

В сентября 2005 г. назначен заместителем главы администрации Алтайского края.

С декабря 2007 г. – заместитель Губернатора Алтайского края.

Имеет почетное звание «Заслуженный лесовод РФ».